继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：帕迪·康斯戴恩 马特·史密斯 米莉·阿尔柯克 艾玛·达西 瑞斯·伊凡斯 艾米丽·凯里 奥利维亚·库克 史蒂夫·图森特 伊芙·贝斯特 水野索诺娅 瑞安·柯尔 汤姆·格林-卡尼 泰·田纳特 法比安·弗兰克尔 格拉汉姆·麦克泰维什 珊·布鲁克 杰佛逊·豪尔 大卫·霍罗维奇 马修·尼达姆 比尔·帕特森 加文·斯派克 斯特凡·罗德里 艾略特·提特恩索 加里·库珀 朱利安·刘易斯·琼斯 大卫·豪恩斯洛 弗兰基·威尔森 米哈伊尔·森 瑞斯·派瑞·琼斯 卢克·蒂滕索尔 加里·雷蒙德 安德鲁·比克内尔 戴维·坎恩 米尔亚姆
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演员：凯尼塔·史密斯 基斯·阿兰 拉塞尔·霍奇金森 奈特·赞 阿纳斯塔西娅·巴拉诺娃 西德尼·维恩卢尼 娜塔莉·琼贾伦拉普 格蕾丝·菲普斯 亨利·罗林斯 迈克尔·贝里曼 塔拉·霍尔特 迈克尔·奥克斯 Chris Labrum Jerry L. Buxbaum
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演员：Simona Distefano Stefano Fregni 芭芭拉·奇基亚雷 Andrea Dodero 弗朗西斯科·科勒拉 Andrea Riso 米卡埃拉·拉马佐蒂 盖娅·吉拉切 瓦伦蒂娜·贝莱
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