继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：伊桑·霍克 蒂姆·布雷克·尼尔森 凯尔·麦克拉克伦 凯斯·大卫 珍妮·特里普尔霍恩 瑞安·基拉·阿姆斯特朗 卡内赫迪奥·霍恩 崔西·莱茨 艾比·科布 约翰尼·彭伯顿 梅肯·布莱尔 斯科特·谢帕德 迈克尔·希区柯克 埃里克·埃德尔斯坦 乔希·法德姆 乔比·詹姆斯 汤米·G·肯德里克 扎克瑞·布斯 杰西卡·J·马兰 约翰·W·希思
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演员：伊恩·阿米蒂奇 佐伊·派瑞 兰斯·巴伯 蒙塔纳·乔丹 拉根·雷沃德 Matt Hobby 艾米丽·奥斯蒙特 安妮·波茨 吉姆·帕森斯 格雷格·T·尼尔森 罗基·麦克默里 Emanuel Loarca
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演员：Kiefer Sutherland Mary Lynn Rajskub Dameon Clarke Carlos Bernard Annie Wersching Colm Feore Janeane Garofalo Jeffrey Nordling Bob Gunton Rhys Coiro Cherry Jones
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